1.如果分離細(xì)胞用作培養(yǎng)，全過程在超凈臺中完成。
2.超微磁珠及微小磁場系統(tǒng)適合于少量細(xì)胞分離（如10⁶-10⁷），通常已適用于大多數(shù)實驗研究；此外各公司尚有大磁珠及大磁場供應(yīng)，可用于更大量細(xì)胞的分選；除分離柱外，也有試管及其它設(shè)備用于分選；根據(jù)我們應(yīng)用的經(jīng)驗，分離柱由于提供了較大的接觸面，在細(xì)胞分選上具有較多優(yōu)點。磁場也可以自制，用一般的磁鐵即可做成簡易磁場，可提供足夠的磁力。
3.磁珠分離系統(tǒng)分離的細(xì)胞純度可以達(dá)到80~99％，得率在60~90％左右，僅次或相當(dāng)于流式細(xì)胞儀（FACS）的分選效率，與FACS 相比，MACS設(shè)備簡單，耗時極短，故而應(yīng)用廣泛。MACS也可用做FACS分選前的預(yù)分離，以減少FACS所用時間。另外連續(xù)兩次過柱分選可進(jìn)一步提高分選細(xì)胞純度，通常可達(dá)95－99％。
4.在分離柱尾接上限速針頭，收集的流下的細(xì)胞即為陰性選擇細(xì)胞，一般純度低于陽性選擇。
5.分離柱一般只能一次應(yīng)用，再用時降低分離效率；
6.分選下的細(xì)胞可用熒光標(biāo)記抗體（一抗或二抗）標(biāo)記后FACS鑒定純度；我們用熒光抗體直接標(biāo)記細(xì)胞后，用二抗包被磁珠分選出細(xì)胞，直接做FACS分析，也可實現(xiàn)分選和純度檢測。
7.陽性選擇后，如需用第二種表面標(biāo)志繼續(xù)分離，可以用剪切酶剪切下之結(jié)合的磁珠和一抗，再次進(jìn)行下一輪分選。如需進(jìn)行細(xì)胞功能分析，也可經(jīng)培養(yǎng)12~24小時，使結(jié)合的磁珠脫落后進(jìn)一步使用陽選的細(xì)胞做研究。

分選的效率在很大程度上取決于實驗者對關(guān)鍵環(huán)節(jié)的把握。我們建議實驗者在操作前認(rèn)真閱讀相應(yīng)的說明書及以下特別值得提出引起重視的有以下幾點：
1.待分選細(xì)胞中如有貼壁細(xì)胞，建議在分選前先貼壁培養(yǎng)去除，或者提高EDTA濃度；
2.抗體包被磁珠對死細(xì)胞常有非特異性結(jié)合。因而分選前去除死細(xì)胞；
3.新鮮分離骨髓細(xì)胞，先用膠原酶、DNA酶、胰酶聯(lián)合消化，可使細(xì)胞團(tuán)塊解聚，從而提高分離效率。
4.上分離柱前，充分振蕩，混懸細(xì)胞，打散細(xì)胞團(tuán)塊；
5.用分離柱分選，應(yīng)用真空抽濾水，減少水中氣泡，使分離柱不被氣泡阻滯；
6.細(xì)胞懸液加入分離柱中時，應(yīng)將滴管伸至底壁后加入，避免將細(xì)懸液沿管壁流入，使管壁殘流末分選細(xì)胞，以致后繼洗柱過程中，因疏忽末被洗下，zui后導(dǎo)致純度不高。洗柱時，應(yīng)在前次液體充分流盡后，再加洗液。
7.分選細(xì)胞量應(yīng)根據(jù)說明書控制，不超量；
8.孵育時間和溫度應(yīng)按說明書進(jìn)行，延長孵育時間、提高溫度會增加非特異結(jié)合；
9.先用抗體阻斷Fc受體，可降低非特異性結(jié)合；